В состав уголовно-исполнительной системы Вологодской области входят территориальное Управление Федеральной службы исполнения наказаний и 16 федеральных казенных учреждений, в том числе 3 исправительные колонии общего режима, из них 2 женские (ИК-1и ИК-2) и 1 мужская (ИК-3); 2 исправительные колонии строгого режима (ИК-12 и ИК-17); 1 – особого режима (ИК-4); 1 исправительная колония особого режима для осужденных к пожизненному лишению свободы (ИК-5); 2 следственных изолятора (СИЗО-2 и СИЗО-3); 2 колонии-поселения (КП-6 и КП-7); межобластная больница для осуждённых № 10; уголовно-исполнительная инспекция, включающая в себя отдел исполнения наказаний и применения иных мер уголовно-правового характера, 7 филиалов и 8 межмуниципальных филиалов; управление по конвоированию; центр инженерно-технического обеспечения и вооружения; база материально-технического и военного снабжения.
Кроме того, в состав действующих исправительных учреждений входят 3 участка, функционирующие как исправительные центры (УФИЦ), при ИК-1, ИК-2 и КП-7.
В структуре ФКУЗ МСЧ № 35 ФСИН России функционируют 5 филиалов медико-санитарной части, 10 здравпунктов, военно-врачебная комиссия, центр государственного санитарно - эпидемиологического надзора.
При исправительных учреждениях имеются 2 общеобразовательные организации и 9 учебно-консультационных пункта, 6 профессиональных образовательных учреждений ФСИН России и 2 места осуществления образовательной деятельности.
В учреждениях УИС функционирует 18 объектов (здания, сооружения, помещения), используемых для проведения религиозных обрядов и церемоний, в том числе: 7 православных храмов, 4 молельных комнаты для лиц, исповедующих ислам, 7 молельных комнат для лиц, исповедующих православие.
Штатная численность персонала УИС Вологодской области составляет 3 250 ед., в том числе начальствующий состав – 2 537 ед.